Arrivés en Afrique du Sud (1934), les Perls s'installent comme psychanalystes à Johannesburg où F. Perls fonde l'Institut Sud-Africain de Psychanalyse. Mais dès 1938, n'étant pas considérés comme des professeurs en psychanalyse, ils sont empêchés d'enseignement psychanalytique par l'IPA.
Pendant que L. Posner-Perls reçoit ses patients en face à face, F. Perls continue une pratique psychanalytique avec ses règles classiques (Cure sur le divan à raison de 5 séances hebdomadaires de 50 minutes). Rapidement, ils mènent une vie très confortable.
En 1936, F. Perls se rend au 14ème Congrès International de Psychanalyse à Marienbad (Tchécoslovaquie) où il souhaite apporter sa contribution à la psychanalyse avec sa communication sur "Les résistances orales" (inspirée par les recherches de L. Posner-Perls mais également par des idées de K. Horney et de W. Reich, en dissidence du freudisme). Non seulement elle est très mal accueillie mais sa tentative de dialogue avec Freud avorte ; il en conserva tout le reste de sa vie une rancœur contre S. Freud et sa conception de la psychanalyse.
De retour, il pense et écrit, avec la collaboration très active de son épouse autant sur le fond (concepts) que sur la forme (écriture), son premier ouvrage : Le Moi, la faim et l'agressivité (publié en 1942 à Durnand sous le titre "Ego, Hunger and Aggression", puis en 1947 à Londres).
Le sous titre, "Une révision de la théorie de Freud et de sa méthode" est sans ambiguïté quant aux intentions du couple d'apporter des révisions à la théorie et à la méthode freudienne (contestant la primauté de la sexualité, les concepts de libido, de résistance anale, de pulsion de mort, …). Dans ce livre, F. Perls développe son concept de l'agressivité appréhendée comme une "fonction biologique", une énergie vitale poussant l'organisme à aller chercher dans son environnement la réponse au besoin émergeant dans l'instant.
Cette conception de l'agressivité rattachée à l'oralité (à la vie) marque le début de l'éloignement des Perls vis à vis de la théorie freudienne qui rattachait l'agressivité et les résistances à l'analité, à une pulsion de destruction (mort). Dans ce livre, il pose les bases d'une "thérapie de la concentration" qui s'oppose au principe de la libre association de la psychanalyse freudienne.